الجامعة اللبنانية
اول نواة للجامعة اللبنانية كان في العام 1951 ، وهي الجامعة الرسمية في لبنان.
يبلغ القسط السنوي فيها 500.000 ل ل و يرتفع الى المليون في كلية الطب. من حيث المبدأ يستطيع الطالب الفلسطيني الدخول الى الجامعة اللبنانية  ولكن عمليا يمنع من الدخول الى بعض الكليات مثل كلية الطب والهندسة وحتى ادارة الاعمال الذي اصبح الدخول اليها صعبا للغاية نظرا للأقبال الكثيف وللعدد المحدود الذي حددته ادارة الجامعة لهذه الكلية.
ولقد قامت مديرة الصندوق ضمن وفد يمثل منتدى الحوار اللبناني الفلسطيني بزيارة معالي وزير التربية  الياس بوصعب الذي كان ايجابيا بخصوص استفادة الطلاب الفلسطينيين من التعليم الجامعي في الكليات المختلفة وتمّ الاتفاق على انه يجب الفصل بين العمل والحق في التعليم.
يشجع الصندوق طلابه الى تقديم طلبات الى الجامعة.
الجامعة الاميركية في بيروت
تأسست عام 1866 مؤسسة مستقلة هدفها إنشاء نواة لجامعة في لبنان، على أن تكون مؤسسة علمانية.
تقدم الجامعة الاميركية في بيروت مساعدة مالية تتراوح بين 20 و30%. كما انه في بعض الاحيان ترتفع الى 50%. هذا بالاضافة الى  المنح التي تقدم من قبل بعض الكليات مثل كلية التمريض التي تصل المنحة فيها الى 60% وكلية الصحة  التي تقدم منحا من مؤسسة الماستر كارت (Master Card).
يشجع الصندوق طلابه الى تقديم طلبات الى الجامعة والحصول على مساعدة مالية من الجامعة.
الجامعة اللبنانية الاميركية
تأسست عام1925  مؤسسة مستقلة للتعليم العالي في بيروت و جبيل.
 
تقدم هذه الجامعة ايضا مساعدات مالية تتراوح بين 20-30% و ترتفع هذه المساعدة لكي تصل الى 50%. ولقد عقد الصندوق اتفاقا مع الجامعة تقدم بموجبه الجامعة منحة مقدارها 50% لطلاب التمريض على ان يدفع الصندوق ال 50% المتبقية من القسط.
يشجع الصندوق طلابه الى تقديم طلبات الى الجامعة والحصول على مساعدة مالية من الجامعة.
جامعة القديس يوسف

تأسست جامعة القديس يوسف عام 1875 في بيروت  - لبنان.

يشجع الصندوق الطلاب الفلسطينيين على الدراسة في جامعة القديس يوسف في الإختصاصات التالية: اختصاص معالجة النطق واختصاص تعليم ذوي الإحتياجات الخاصة.

يشجع الصندوق طلابه الى تقديم طلبات الى الجامعة و الحصول على مساعدة مالية من الجامعة.
جامعة بيروت العربية

تأسست عام 1960 مؤسسة مستقلة لبنانية خاصة للتعليم العالي.

تقدم الجامعة منحا للمتفوقين من الطلاب، وتقدم مساعدات مالية لا تتجاوز 10% من القسط. و سيتحاور الصندوق مع الادارة الجديدة من اجل  زيادة المساعدات المالية لطلابه.

يشجع الصندوق طلابه الى تقديم طلبات الى الجامعة  و الحصول على مساعدة مالية من الجامعة.  
جامعة البلمند
 هي جامعة خاصة لبنانية للتعليم العالي تأسست في عام 1988 . يقع حرم الجامعة الأساسي في منطقة الكورة بقرب دير البلمند.

تقدم الجامعة مساعدات مالية لكل الاختصاصات و خاصة في مجال التمريض والانسانيات.

يشجع الصندوق طلابه الى تقديم طلبات الى الجامعة  و الحصول على مساعدة مالية من الجامعة. 

جامعة سيدة اللويزة

تأسست جامعة سيدة اللويزة عام 1978, تقع في كسروان في جبل لبنان.

يقدم صندوق الطلاب الفلسطينيين منحا في هذه الجامعة في مجال إدارة الأعمال و هندسة الإتصالات.

 

يشجع الصندوق طلابه الى تقديم طلبات الى الجامعة و الحصول على مساعدة مالية من الجامعة. 
جامعة المقاصد

تأسست جامعة المقاصد عام 1948.

 

يشجع الصندوق الدخول الى هذه الكلية نظراً للمستوى الجيد. والجدير بالذكر أن اتفاقاً عقد عام 1985  بين الأنروا وصندوق الطلاب الفلسطينيين, بحيث تدفع الأنروا كلفة السنتين الأول ويدفع الصندوق كلفة السنة الأخيرة 100%. و لا يزال هذا الإتفاق ساري المفعول لغاية الآن.

يشجع الصندوق طلابه الى تقديم طلبات الى الجامعة  و الحصول على مساعدة مالية من الجامعة.